本校特殊教育中心於民國68年5月1日正式成立，102年8月1日起配合臺北市立大學合併升格隸屬於學生事務處。以推展、輔導臺北市與金門縣之國民小學特殊教育及辦理大專校院身心障礙學生鑑定及就學輔導。中心主要任務在提供特殊教育諮詢服務、辦理特殊教育研討會、進行特殊教育專題研究、協助國小辦理特殊兒童鑑定工作、輔導臺北市與金門縣各國小及學前辦理特殊班級、出版特殊教育叢書及國小特殊教育刊物、教育局及各級政府機關委託辦理各種特殊教育教師專業知能研習活動等及辦理教育部新北區大專校院身心障礙學生鑑定工作。

歷任主任：

第一任主任 陳東陞教授

第二任主任 莊冠月教授

第三任主任 陳迺臣教授

第四任主任 宋隆業教授

第五任主任 陳龍安教授

第六任主任 許澤銘教授

第七任主任 王振德教授

第八任主任 吳純純教授

第九任主任 楊坤堂教授

第十任主任 李水源教授

第十一任主任 王大延教授

第十二任主任 張世彗教授

第十三任主任 蔡昆瀛教授 95年9月~101年9月

第十四任主任 陳淑瑜教授 101年10月~104年1月

第十五任主任 吳淑敏教授 104年2月~109年1月

第十六任主任 李姿瑩教授 109年2月~